「超能干探」描写两位至交好友,陈一贤(郭晋安饰)及方志强(刘锡明饰),两人至同道合一起考進了警察学校,後又分發到同一单位服務。 强生性善良沒有心机,但處事有原则,不愿随波逐流,因此屡遭局内同僚排斥。而好友贤则恰相反,他聪明机伶,做人有手腕、心机深,起嫉妒心重,為了名利不擇手段,因此很受同事长官器重。 一次,强在缉捕行動中受伤,子彈贯穿心肺之间,奇迹式的存活下来,但却从此产生了「超能力」。强連自己也不太能理解為什么能够「以眼代手」、「移形换影」或「電磁效应」。幸有一位奇人沈節(谷峰饰),教强控製自己的超能力。 强与贤在一次缉捕歹徒的行動中,惊险万分,贤不慎受枪伤,而强则在危机中,不知不觉的使用了超能力逮捕獲歹徒,强因而升职。 阮雯原為贤之女友,她一心一意守在贤身旁,但贤却因自私多次冷落阮雯,令阮雯若有所失。强自小暗恋雯,乃不時给予鼓励;雯不受贤重視,找强倾吐,两人爱苗渐滋生。 贤嫉妒强的升职,雯又向贤提出分手,并坦言爱上贤,贤因此更加愤恨。强被长官指派為诱饵,险象环生中又以超能力捕獲歹徒,此時,高人石龙(王龙威饰)出现,以高强的功力将歹徒灭口。 贤亲眼目睹石龙的超能力,乃告知强,强一時大意,将子己拥有超能力之事坦言告之;贤乃求见沈節,沈節一眼看穿贤心术不正,劝他勿接近石龙,以免誤入魔道。 但贤因公事不顺遂,巧遇石龙,石龙引诱他做徒弟,贤名利薰心,開始向石龙学习超能力。 马凤儿(彭家丽饰)因偶然的机会,认识了强的母亲關靜红(苏杏璇饰),两人颇為投缘,红不但将凤儿带回家,并要强照料凤儿。凤儿刁钻活泼,初時常捉弄强,但逐渐了解强的忠厚後,渐爱上强。贤因得知凤儿顯赫的身世,利用强結识凤儿,贤渐对凤儿产生情愫,但凤儿却对贤沒感觉,唯对强情有独钟。而雯虽屡遭凤儿言語及行動骚扰,却始终默默忍受。 贤与强被分為不同的二组,共同打擊犯罪。但两组组长處事不合,導致两组人马處處抢功;在共同追查一桩重大刑案時,石龙因参与其中,龙要胁贤干出杀人勾当,自此,贤身陷魔道而不能自拔。 强之师父沈節原是大陸公安,来港為逮捕超能力高人石龙回大陸受审。强在不屈不挠的追查下,真相逐渐被解開,正当他掌握罪证據,却被石龙拦截,龙正要向强下毒手時,幸好沈節赶到,虽打走了龙但却身受重伤。凤儿也為了救强而牺牲了生命。 贤怕自己的事迹敗露,不断以超能力杀人,并設计陷害强,强虽知贤种钟恶行,但顾念往惜情谊,不愿与贤决裂。 龙见贤事迹敗露,认為贤已無利用价值,欲杀贤,幸得强与節搭救。贤不知悔改,反而悟得更深之魔法,将石龙除去,并做恶不断。 强忍無可忍,故意将雯遣至美國,并将红送回乡下,在無後顾之忧後,痛下决定和贤展開一场生死大对决.....。